Ruiner er fremdeles synelig av kirken som stod nede ved klokkersundet i den gamle kaupstaden i Borgund. Denne var i motsetning til St. Peters kirke trolig sognekirke til innbyggerne i kaupstaden. Den ble arkiologisk undersøkt våren 1912 og man fant da ut at den trolig var byggd sammtidig med Giske kirke og den andre steinbygningen det er funnet spor av under dagens prestegårdstun. Kirken utpreger seg og ved at den hadde større jordegods under seg enn de fleste andre kirkene på Sunnmøre. Fremdeles i 1648 hadde kirka ca 20% av alle kirkelig jordegods tilsammen.
Geo-radar undersøkelser har påvist at det trolig var kor til kirken selv om dette ikke ble påvist ved utgraving tidlig på 1900-tallet.
Ruin av kirke lengst S på neset ved Klokkersund, viet Margareta (Marite, Maria), identifiseringen tidligere omdiskutert. Sognekirke i 1430 (Aslak Bolts jordebok), kirken øde på 1500-tallet, nedlagt og revet. Materialet brukt til utvidelsen av Peterskirken (se Idnr 83932). Romansk langkirke 20 x 10 m, annen halvdel av 1100-tallet. Murverk av høy kvalitet, utvendig lys grå marmorkledning i jevnt tilhugne kvadre. Korparti ikke påvist.
MARGARETHAKIRKEN, gnr. 43 Borgund (Borgund sogn). Eldste omtale av kirke og prest er i 1309 (Marite kierche, DN XV:1), da de ble begunstiget i ridderen Bjarne Erlingssons testamente. Margarethakirken sto på (gnr. 43) Borgund. Den var en steinkirke fra andre halvdel av 1100-tallet, og den var utvendig og i samtlige veggåpninger kledd med marmorkvader. Skipet var rektangulært (20x10 m), men et separat kor lot seg ikke påvise under utgravningen i 1912. Ruinene befinner seg ”nede ved Klokkersundet”, dvs. et par hundre meter ned/østsørøst for den stående kirken (Kloster 1957:355ff). Kirkens jordegods blir ikke anført i Aslak Bolts jordebok 1432, slik som for Mathiaskirken og Kristkirken samme sted (AB s. 131, 135-6). I 1587 betegnes kirken som øde (St. Margaretæ Kirke udi Borgund […] som nu er øde, NRR II:700), og i 1632 ble stein fra ruinen benyttet til utvidelse/ombygging av St. Peters kirke (den nåværende Borgund kirke) (Kloster 1957:354ff). (Kildegjennomgang til registrering av middelalderkirkesteder av NIKU ved Jan Brendalsmo, RA sak 06/02235-69)