Det som er dagens Borgund kirke står der den middelalderkirken som var viet til St. Peter stod. Denne var hovedkirke for hele Sunnmøre og det var her Prosten holdt til. Etter reformasjonen har kirken blitt påbyggd flere ganger og senest i 1904 da kirken ble påtent og alt untatt murene brant ned. Middelalderkirken utgjør korsarmene i dagens kirke og et alter fra en av steinkirkene i Borgund-kaupstaden er satt opp i det som var koret. Bortsett fra dette er det ikke annet inventar fra middelalderen .
Den eneste gjenstående av kirkene i Borgundkaupangen, deler av Ø-V korsarm identifisert som middelalderens St.Peter. Opprinnelig liten, ca 13 x 9 m, romansk kirke med grov kistemur i tuktet granitt og gneis, hjørnekjeder av kleberstein. Koret 6,5 x 5,8 m, rett avsluttet. Murtykkelse ca 1,4 m. Datert til tidlig 1100-tall. Sognekirke fra 1430-årene (Aslak Bolts jordebok) og hovedkirke i prostiet etter reformasjonen. Ombygget i 1632 da en N korsarm ble bygget, bl.a. med marmormateriale fra den nedlagte Margaretakirken nede ved Klokkersundet. Søndre korsarm ble bygget 1868. Kirken brant i 1904 og ble gjenoppbygget. Middelaldermurer bevart i V-vegg, partier av skipets N og S langvegg.