Etter at Knut Alvson gjorde opprør mot danskekongen sammen med en rekke svenske stormenn i 1501 ble alt jordegods, deriblandt Giskegodset konfiskert av kongen. Hvem som faktisk satt med styringen på giske i denne tiden er usikkert men mest trolig var det de øverste embedsmenn på Sunnmøre som satt på Giske og hadde det som len av kongen. Etter at Knuts sønn Karl Knutsson i 1515 skifter sider og går inn i den danske hæren får han som belønning tilbake alle jordegods som ble tatt fra faren.