Lite er funnet om kirkene i skodje, men den første skriftlige kilde er fra Aslak Bolts Jordebok fra 1428. Kirkene skal ha stått på samme plass som dagens kirke.
SKODJE, gnr. 21 Skodje indre (Skodje sogn). Eldste omtale av kirken er i 1432 (Skodynar kirkio, AB 131). ”Øvre-Skoue, en stor Gaard, som egentlig bestaaer af tvende adskilte Gaarde, nemlig Yttre- og Indre-Skoue. Paa denne sidste staaer Skoue-Kirke, som i de ældre Tider er forflyttet fra Gaarden Leite i Stette-Bygden, og anlagt her paa en Bakke, hvor den har en ganske fordeelagtig Situation. Kirken er een af de riigeste i Provstiet” (Strøm II:99, jf. Fylling u.å.:5f). Flyttingen fra (51) Leitet er trolig et tradisjonelt flyttingssagn, selv om Peder Fylling hevdet at også alt inventaret ble flyttet med fra Leitet (bl.a. alterplate, en forgylt figurframstilling av apostelen Andreas og en liten klokke). I 1665 ble kirken beskrevet med korsformet grunnplan, men at den få år tidligere hadde vært enskipet – tverrskipene var da nylig bygd til. I 1750 ble denne kirken revet og en tømmerkirke med korsformet grunnplan oppført på det gamle tuftstedet. I 1859 ble denne kirken revet og nåværende langkirke i tømmer reist året etter på dens sted (Fylling u.å.:6f). Trolig var den eldste kjente kirken en stavkonstruksjon og tverrskipene i tømmer, da det ble utført stadige ”oppskordinger” av tilbyggene samt forbinde disse med den eldre bygningen ved hjelp av jernbeslag. I 1589 lå Skodje som anneks til Borgund (Thr.R. 63), og i 1858 ble Skodje med Vatne som anneks utskilt som eget prestegjeld (NG 157). Rett ned for kirken heter det Korsvegen, en svak antydning om et tidligere kors i friluft. På Nedre Skodje heter det Prestegardsskogen. (Kildegjennomgang til registrering av middelalderkirkegårder av NIKU ved Jan Brendalsmo, RA sak 06/02235-69)